當鑑定結果為特定的菌種時，當下針對同一質譜數據進行二次分析，藉此偵測是否有生物標記 (Biomarker) 的存並加以判定。 下列為目前可以進行Subtyping的菌種：
1.    Detection of KPC-producing Enterobacteriaceae.
        Citrobacter freundii              Enterobacter aerogenes
        Enterobacter asburiae          Enterobacter cloacae
        Enterobacter kobei              Enterobacter ludwigii
        Escherichia coli                  Klebsiella aerogenes
        Klebsiella oxytoca              Klebsiella pneumoniae
        Klebsiella variicola              Serratia marcescens
2.    MRSA subtyping
3.    Bacteroides fragilis cfiA Subtyping
4.    Accurate Differentiation of Mycobacterium chimaera from Mycobacterium intracellulare.
5.    Elizabethkingia Species Differentiation

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